Доки - это описания, позволяющие работать со скриптами на уровне пользователя. (Доки по разработке относятся к исходным кодам так же, как эти доки - к продуктам разработки.)
Структура папок доков повторяет структуру продуктов - юзерскриптов и юзерстилей. Частично или полностью она может находиться и в продуктах - как комментарии в кодах, так и доступные пользователям тексты при выполнении скриптов. В идеале, доки генерируются из исходных кодов наряду с продуктами, а в кодах они представлены в недублированном виде. (Доки для разработки - тоже, в исходниках этой самой разработки.)
Если доки представлены в единственном формате (представлении), лишь тогда имеет смысл или простое дублирование доков, или написание в доках продукта. (Но с системой контроля за внесением правок - возможно править везде, но не везде правки будут полноценны и "всесильны", а исходники - место содержания полной информации по всем докам, как и по всем кодам.)
●
К списку скриптов и стилей на HaPages (документация для пользователей)
●
Стили на userstyles.org,
HabraDarkAge (размещение для пользователей)
●
Скрипты Greasyfork.org (размещение для пользователей)
●
Скрипты и стили здесь, на Github.com (HaPages — размещение для разработчиков, с Git, доками и багтрекингом)
●
Коды здесь, на Github